일식이 일어난 어느날, 수많은 사람들이 납치되어 강제로 마력이 누출되는 '사바트'라는 사건이 발생한다. '게이트'라 불리우는 이 사람들은 내면에 마력을 지니고 있으며 절망하면 내면으로부터 '팬텀'이라는 괴물이 깨어나는 존재들이다. 그 현장에 있던 소우마 하루토 역시 팬텀이 깨어나려 하지만 절망하지 않음으로써 사바트를 극복해낸다. 사바트가 끝났을 때, 또다른 생존자인 기억상실 소녀 '코요미'와 만난 하루토. 그리고 피리를 든 흰색의 남자가 나타나 하루토가 마법사의 자질을 이끌어 냈다 말하며 마법을 사용할 수 있는 '위저드라이버'를 건내준다. 한편, 팬텀들은 '게이트'들을 찾아내 의도적으로 절망시켜 더 많은 팬텀들을 깨워내려 암약하고 있다. 위저드라이브의 힘으로 '가면라이더 위저드'로 변신하는 능력을 얻은 하루토는 사람들을 절망으로 부터 구해내 팬텀의 야망을 무찌르기 위해 싸우기로 결심한다.
