서기 2012년, 인류는 외계 생명체에게 공격당해 전멸의 위기를 겪고있었다. 전란에 의해 폐쇄지역으로 지정된 도쿄에 살고있는 안노 케이는 '스피릿'의 인도에 의해 신비한 소녀 아마라와 함께 거대로봇 데바다시의 파일럿이 되어버리는데...