닥터 레뮤엘 걸리버(Lemuel Gulliver : 테드 댄슨 분)는 9년간의 여행을 마치고 집에 돌아온다. 하지만 그의 병원은 물론 아내와 아들(Tom Gulliver : 토마스 스터리즈 분)은, 아내 메리 걸리버(Mary Gulliver : 매리 스틴버겐 분)를 홈모하던 닥터 베이츠(Dr. Bates : 제임스 폭스 분)에게 넘어가버린 후. 그가 표류한 뒤 처음으로 닿은 곳은 릴리팟이라는 소인국. 그곳은 독재적인 군주가 지배하는 전형적인 왕정의 나라이자, 언제나 전쟁 준비에 정신이 없는 곳이다.
어느날, 왕궁에 불이나고, 왕비만이 탈출하지 못한다. 걸리버는 자신을 그다지 좋아하지 않는 왕비를 구해내기 위해 왕궁에 오줌을 뿌려 그녀를 구해내지만, 왕의 걸리버에 대한 애정을 시기하는 대신들은 걸리버를 불경죄로 처단하려 하고, 걸리버는 간신히 탈출해 또 표류를 하게 된다. 그를 구해주었던 농부가 준 비상식량 양 한 마리를 가지고. 또다른 바닷가에 닿게 된 걸리버는 이제 정상적인 사람을 만나리라고 상상하지만, 그가 맞닥뜨린 것은 집채만한 사람들. 글럼글리치(Glumdalclitch : 케이트 마버리 분)라는 소녀와 함께 농사의 정령으로 분장하여 전국을 떠돌던 중, 궁에까지 들어가게 된다. 대인국은 농경으로 살아가는 곳, 시기와 질투, 전쟁따위는 그들에게는 낮선 것이다. 왕의 눈에 들기위해 걸리버는 대인국 사람들이 절대로 알지못하는 폭약 제조법을 알려주지만 오히려 그것으로 인해 또다시 찌기는 신세가 된다.
한편, 닥터 베이츠는 여전히 지난 9년간의 환상에서 벗어나지 못하는 걸리버를 정신병원에 감금한다. 걸리버의 아내 메리와 아들은 여전히 그를 사랑하지만, 끊임없는 헛소리에 그가 정말 미친거라고 생각한다.
걸리버가 세번째로 가게 된 곳은 하늘을 나는 섬 라퓨타. 보통 사람과 전혀 다를 바 없는 외모의 라퓨타 사람들은 날아 다니는 섬위에서 사색과 연구에 몰입하는 현자들이지만 아무도 걸리버가 왔다는 영국을 알지 못하는데...