천만 년 전에 세상을 지배하고자 한 악당 스코는 빙하기를 대비하여 자신의 돌연변이 공룡 군대의 파워를 수정에 봉인 한 후 적당한 시기가 오면 자신만이 찾을 수 있도록 안전한 곳에 묻어 둔다. 하지만 스코도 예측 못한 것이 있었으니 빙하기의 위력이 너무 강했다는 것이다.
빙하기를 거치면서 지구의 지질 구조가 변해 버리고, 스코가 숨겨둔 수정들도 여기저기 흩어지게 된다. 현대에 이르러 얼음 속에서 깨어난 스코는, 자신이 이루고자 했던 지구 정복을 위해 수정들을 찾아 봉인을 풀려고 한다. 천만 년 전에 스코에게 유일하게 맞선 쿵푸 공룡 수호대는 더욱 강력해진 스코에게 맞서기 위해 인간들의 무술인 쿵푸를 익힌 채 새롭게 태어난다. 이제 새로운 영웅이 탄생하게 되니, 그 이름은 쿵푸 공룡 수호대이다. 과연, 쿵푸 공룡 수호대는 스코의 야망을 꺾고 지구의 평화를 지킬 것인가?