주고요원 코몬 카즈키는 어느날 비공연방조직 TLT의 배속을 명 받는다. 그곳에 향하던 중 의문의 괴물 페도레온에게 습격당한다. 최근 연속적으로 일어나는 행방불명 사건은 이 괴물에 의해 자행된 일이었으며, 이 괴물들은 우주에서 온 괴물 속칭 '스페이스 비스트'라고 불리우고 있었다. 코몬이 괴물에게 습격당해 죽을위기에 처했을 때, 빛으로 만들어진 거인이 나타나 괴물을 일격에 무찌르고 사라진다. 이후 TLT 실돌 공격 부대 나이트 레이더에 입대하게 된 코몬은 조직이 보여주는 냉혹함, 그리고 점차 기억을 잃어가는 사건 관계인들에게 의문을 가지게 된다. 그리고 그들을 도와주는 의문의 거인 '울트라맨'에 대한 신뢰만을 높여나간다.
