어디에서 온지 알수 없는 영혼의 형태를 한 괴인 '안마'가 영웅의 혼을 담은 고스트 아이콘을 찾아 활동을 개시한다. 고스트 헌터 텐쿠지 류는 우연히 만난 안마에게 패배해, 자신이 가지고 있던 미야모토 무사시의 유품을 아들 텐쿠지 타케루에게 남기고 사망한다. 그로부터 10년 후, 아버지처럼 고스트 헌터가 되고싶어 연마중인 타케루는 18세의 생일, 자신이 가진 무사시의 유품을 노리고 찾아온 안마들에게 공격당해 사망한다. 그때 자신을 '선인'이라고 말한 노인에 의해 유령으로 부활, '가면라이더 고스트'로 변신할 수 있는 힘을 얻는다. 하지만 제한시간은 99일. 그 안에 15개의 영웅의 고스트 아이콘을 모아야 현실세계로 부활할 수 있다는데...
어디에서 온 지 알수 없는 영혼의 형태를 한 괴인 '안마'가 영웅의 혼을 담은 고스트 아이콘을 찾아 활동을 개시한다.
