총인구 230만 명 도쿄도 서부의 대부분을 차지하고 있는 거대한 도시. 그곳 인구의 약 80%가 학생이라는 점에서 '학원도시'라고 불리고 있는 그 도시에서는 초능력의 개발이 진행되고 있었다. 커리큘럼을 받고 능력을 얻은 학생들은 정기적인 시스템 스캔에 의해 레벨 0에서 레벨 5의 6단계로 평가되고 있다. 그 정점에 서서 최강이라고 불리는 것이 일곱 명의 '레벨 5'였다. 그중 한 명인 미사카 미코토. '일렉트로 마스터' 최상위 능력자이자 '레일건'의 이명을 가진 그녀는 명문 아가씨 학교 토키와다이 중학교에 다니는 14살의 여중생이다.후배인 '저지먼트' 시라이 쿠로코 일행과 학원도시적인 일상생활을 하고 있다. 이 이야기는 평화롭고 평범하고 조금 별난 능력자 소녀들의 일상을 그린 이야기다.
