세계정복을 노리는 국제적 범죄조직 '흑십자군단'. UN은 이들의 침공을 막기 위해 비밀 방위 기관 '이글'을 설립, 스위스 제네바에 본부를 만들고 세계를 10개의 블록으로 나눠서 흑십자군단에 대항할 계획을 세운다. 흑십자군단은 일본에 총공격 명령을 내리고, 일본의 이글 지부는 모두 전멸해버리고 만다. 하지만 이글 간토지부 카이조 분대장의 동생이자 비밀공작의 스페셜리스트 '카이조 츠요시', 토후쿠 지부의 분대장 '신메이 아키라', 큐슈 지부의 정밀기술부원 '오오이와 다이타', 훗카이도 지부의 화학분석부원 '페기 마츠야마', 간사이 지부 신참대원 '아스카 켄지' 다섯명의 젊은이는 기적적으로 생존한다. 이글 일본 지부 최고지도관인 에도가와 곤파치는 살아남은 다섯명의 젊은이를 신주쿠의 비밀기지로 불러들여, 흑십자군단에게 역습을 가할 특수부대인 '비밀전대 고레인저'로 임명한다.