돌연변이 닌자 거북이

닌자 집단 풋 클랜 소속의 하야토 요시는 제자 오로쿠 사키의 음모에 의해 조직에서 추방당하고 뉴욕으로 흘러들어간다. 그곳에서 방사능에 오염된 거북이를 구해준 요시는 자신 또한 방사능에 의해 쥐인간의 모습으로 변모하게된다. 방사능의 힘으로 인간의 모습을 갖추게 된 거북이들은 '스플린터'로 이름을 바꾼 요시에게 무술을 배운다. 한편, 풋 클랜을 장악해 범죄 조직으로 바꾼 사키는 요시를 완전히 파멸시키기 위해 뉴욕으로 진출한다. 그곳에서 X 공간의 침략자 크랭과 만난 사키는 크랭의 힘을 빌려 지구를 정복할 야심에 불타기 시작하고, 자신의 이름을 '슈레더'로 바꾼다. 스플린터 밑에서 무술과 정의로운 마음을 배운 네명의 거북이들은 크랭과 슈레더의 침략으로 부터 뉴욕을 수호한다.