M3 - 그 검은 강철

10년 전, 도쿄에 이공간 '무명 영역'이 출현했다. 공간 내부에서는 모든 물질이 검은 결정 '시바가네'로 변해버리고, 그 주변에서는 전체가 시금으로 편성된 활동체 '이마시메'가 배회하고 있었다. 무명영역에 의한 재난을 구제하고 재부흥을 목적으로 하는 기업 '이크스'는 이마시메에 대항할 수단으로 차세대 가동지중기 '마베스'를 개발한다. 마베스의 파일럿 후보생으로 사기누마 아카시, 하자키 에미루, 이즈리하 사사메, 나미토 이와토, 카스미 라이카, 마키 미나시, 유즈키 마아쿠, 이사쿠 헤이토의 7명의 젊은이들이 소집되어 팀 '가르구이유'가 편성된다. 훈련중에 나타난 이마시메를 쓰러뜨린 아카시 일행은 듣기만 해도 9일 이내에 사망한다는 무명영역의 수호자 '무쿠로'의 소리를 듣게되고, 소문 그대로 아카시 일행의 교관이 이내 사망해버린다.