여신 아테나의 수호전사 성투사(세인트)와 전신 마르스와의 싸움이 끝난지 십여년이 지났다. 여신 아테나의 현신인 키도 사오리와 섬에서 살고 있는 소년 코우가는 실버 세인트 뱀주인자리 샤이나에게 엄격한 훈련을 받으며 살아가고 있었다. 왜 자신이 무술을 배워서 강해져야 하는지 이해하지 못하는 코우가는 이런 생활에 불만을 가지고 있을 뿐이다. 어느날, 봉인되었던 마르스가 부활해 그들의 앞에 나타나고, 마르스는 자신의 힘으로 사오리를 어둠으로 집어삼킨다. 마르스에게 아무런 저항도 하지 못한 자신의 무력함을 깨달은 코우가는 사오리를 되찾기 위해 여행을 떠나고, 이윽고 성투사들을 육성하는 학교인 파라이스트라에 도착한다. 하지만 파라이스트라는 사오리가 아닌 다른 소녀를 아테나로 추앙하고 있었다.