백화요란 사무라이 걸즈

후지산 기슭에 지어진 거대한 교육기관 '부오우 학원'은 무가의 자제들이 모여 교육을 받는 곳이다. 그런 만큼 토쿠가와 막부에 대해 반감을 갖고 있는 학생들은 '토요토미 사냥'이라는 명목으로 학생회 집행부에 의해 탄압을 받고 있었다. 아버지가 실종된 후 교내의 시설인 야규 도장에서 사범 대리를 맡고 있는 야규 무네아키라는 집행부의 그런 행동을 달가워하지 않아 거리를 두고 지내왔다. 하지만 학생회로부터 도장을 비우라는 명령을 받고 고민하던 무네아키라 앞에 야규 쥬베에라는 소녀가 나타난다. 하늘에서 전라의 모습으로 떨어진 쥬베에는 기억을 잃은 상태였지만, 무네아키라의 키스를 받으면 또다른 인격인 미츠요시가 깨어나면서 엄청난 검술 실력을 선보인다. 무네아키라를 오빠라 부르며 따르는 쥬베에와 토요토미파의 사나다 유키무라, 토쿠가와 막부의 후계자이자 학생회의 중심 세력인 요시히코와 센(센히메) 남매까지 저마다의 신념을 가진 인물들로 인해 무네아키라의 일상은 급변하게 되는데...