마크로스 제로

지구 통합군과 비통합군간의 전쟁이 치열하게 전개되전 AD 2009년. 통합군의 파일럿인 신 쿠도우는 남태평양의 한 섬에 불시착하고 만다. 그 섬은 아직도 외부문명을 받아들이지 않은채 자신들만의 문화를 꾸준히 이어가고 있는곳으로, 통합전쟁에 대해서는 전혀 모르고 있었다. 이섬의 신관 집안 출신인 사라노무는 외부인인 신쿠도우에 대해서 섬의 평화를 어지럽히는 존재라는 반감을 표시한다. 반면 그녀의 동생인 마오누무는 따분한 섬 생활을 떠나 외부의 소식을 들을 수 있는 창구로서 그를 반긴다. 그 와중에 이섬 주변에서 외계문명에서나 나타나는 특이한 에너지 반응이 포착된다. 1999년 마크로스 낙하후 지구보다 훨씬 앞선 과학 기술력을 가진 외계 문명에 혈안이 된 지구인들. 이런 외계 에너지 반응에 대해 통합군과 비통합군 모두 비상한 괌심을 보이면서 사라의 우려대로 섬의 평화는 중대한 위기에 봉착하는데...