전설의 7 보물 '카오스 에메랄드'를 둘러싸고 악의 과학자 Dr. 에그맨과 격전을 벌이고 있는 소닉과 동료들. 격전의 에너지를 흡수한 카오스 에메랄드는 느닷없이 대규모의 시공 균열 '카오스 콘트롤'을 발생시키고, 소닉 일행과 에그맨은 카오스 콘트롤에 흡수되어버린다. 눈을 뜬 그들은 자신들이 살고 있던 세계가 아닌 인간이 사는 세계 '지구'에 와 있음을 깨닫는데...
