인구가 끝없이 증가해 환경의 오염이 극에 달한 근미래. 세계 각국은 인류 최후의 개척지인 바다에 희망을 걸고, 새로운 세계를 탐구하고 있었다. 그를 위해 설립된 것이, 바다 위 부터 바닷속 까지 모두 안전하게 지키는 초국가조직 '청'이었다. 각국은 협력하에 자국의 잠수함을 '청'에 파견하기로 결정한다. 일본은 자위대로부터 '청'에 보낼 잠수함에 6호를 명명, 6호는 '청'이 내리는 임무를 착실하게 수행하간다. 하지만, 해양개발의 리더인 천재과학자 존다이크가 갑자기 반기를 들고 세계를 공포에 몰아넣는다. 존다이크는 처자를 테러로 잃고 난 뒤 인류에 대한 증오만을 불태우고 있었던 것이다. 그는 해수면 상승을 일으켜 지구 인류를 바다에 잠기게 하고, 자신이 만든 뮤턴트 생물병기를 풀어 인류를 전멸로 몰아넣겠다고 선언한다. 이제, 남은 인류는 '청'에 의존하여 존다이크 박사에게 대항해야 한다.
