근미래, 후지산에서 발굴된 '재패니움'은 차세대 에너지원이 될 '광자력'의 원료가 되어 연구과정에 있었다. 하지만 세계를 정복하려는 매드 사이언티스트 닥터 헬은 재패니움을 손에 넣기 위해 부하 아슈라 남자을 광자력 연구소로 파견한다. 광자력 연구의 총책임자 카부토 쥬조 박사는 자신이 비밀리에 개발한 거대로봇 '마징가 Z'를 손자인 카부토 코우지에게 넘겨주고 숨을 거둔다. 카부토 코우지는 광자력 연구소로 거처를 옮기고, 자신을 뒤에서 도와주는 쿠로가네장의 호걸들과 함께 닥터 헬의 야망을 분쇄하기 위해 싸워나간다.
