덴마크의 수도 코펜하겐에서 코펜하겐의 성공한 상인 미카엘 키르케고르의 막내아들로 태어났다. 독실한 그리스도교 신자였던 미카엘은 쇠렌에게 엄격한 그리스도교 교육을 베풀었다. 쇠렌은 누구보다 아버지를 따랐고, 그의 암울한 성격, 신앙심, 가르침에 영향을 많이 받으며 자랐다. 쇠렌의 암울한 성격과 어떻게 진실한 그리스도인이 될 수 있는가라는 평생의 문제의식은 그로부터 고스란히 물려받은 것이다.