메이지유신 11년(1879년), 왼뺨에 X자 흉터에 붉은 머리를 한 젊은 남자가 도쿄 거리로 들어선다. 이 남자는 막부 말 유신지사로 수많은 인명을 죽인 히무라 발도제로 알려진 히무라 겐신.... 지금은 살생을 폐하고 역날검을 지닌 채 전국을 유랑하는 나그네일 뿐이다.
그런 그를 죽검을 든 한 소녀가 공격하는데... 그 소녀는 아버지가 물려주신 도장에서 카미야 활심류를 수업하고 있는 카미야 카오루.. 작은 오해로 시작된 이 사건으로 말미암아 겐신은 10년에 걸친 유랑생활을 잠시 접고 카미야 도장에 눌러 앉아 식객이 된다. 카미야 도장의 식객이 된 겐신은 소매치기 집단에 잡힌 묘진 아히코를 구해내게 되고 아히코는 카미야 도장의 제1 문하생이 된다.
그러던 어느 날 적보대 출신의 사가라 사노스케가 나타나 겐신과 대결하게 되고 겐신과의 싸움에서 패한 후 겐신의 동료가 되는데... 그는 사민평등을 주장하던 적보대가 유신지사들에 의해 가짜 관군으로 몰려 적보대 대장 사가라 소조가 사형된 뒤 싸움꾼으로 도쿄를 떠돌던 인물이다. 이렇게 동료들을 만나게 된 겐신... 하지만 발도제라는 과거의 명성 탓에 겐신은 계속해서 싸움에 휘말리게 되는데..
