항상 밤만 지속되는 이상한 도시의 호텔방에서 한 남자가 깨어난다. 그러나 그는 자신이 누구인지 기억하지 못한다. 그는 몸에서 가벼운 상처를 발견하고 그 호텔을 나온다. 그 호텔 직원은 그를 존 머독(루퍼스 시월)이라 부르며 2주째 호텔에 머물렀다고 말한다. 자신의 신원을 알기 위해 밖으로 나온 그는 자신이 연쇄살인범으로 쫓기고 있다는 것을 알게 되고, 형사를 피해, 부인을 만난다. 이윽고 그는 이 정체불명의 도시가 결국 외계 종족에 의해 지배되고 있다는 사실을 발견한다. 밤 12시면 어김 없이 모든 인간들이 잠이 들고, 자신은 거기에서 예외되어 있다는 사실을 깨닫게 된다. 외계인들은 밤 12시에 인간들을 잠재우고, 건물과 사물들을 송두리째 변형시키고, 인간들에게 새로운 기억을 주입시킴으로써 실험을 계속한다. 한편 머독은 이러한 인간들과는 예외적인 능력을 가진 사람이라는 걸 깨닫고 그의 기억에 따라 할아버지가 계신 고향의 바닷가를 헤맨다. 결국 그곳에 다다르자, 상상과 조작된 밤의 도시를 탈출하고, 다시 저마다의 기억과 낮의 세계를 누릴 수 있게 된다.
