게네시스 드라이버가 완성되기 직전, 센고쿠 료마는 자신의 야심을 알아주지 않고 인류 구제에만 마음을 쏟는 쿠레시마 타카토라에게 실망하기 시작한다. 그 시기, 유그드라실 내부에서 료마가 개발하지 않은 록시드에 의한 자폭 테러가 발생한다. 그 배후에는 '흑의 보리수'라는 이름의 컬트 집단이 있었다. 또한 료마의 전임자이자 죽은줄만 알았던 쿠도 쿠가이의 이름이 점점 거론되기 시작된다.