26세 살인청부업자 나나(이지은 분). 지금까지 세명을 성공적으로 처치했지만 주도면밀하지 못하고 잘난체하는 그녀의 성격탓인지 아직은 탑클래스 킬러 대열에는 들지 못한다. 10일 중국으로 떠날 것을 계획을 갖고 있는 나나는, 그녀의 상부인 지단(장두이 분)으로부터 새로운 사건을 의뢰받는다. 타겟은 바(Bar) 'Spot'에서 매주 혼자 Vip 룸에서 술을 마신다는 남자. 나나는 spot의 맞은 편 여관, 모텔 99의 붉은 방에 거처를 정하고 약속한 날이 돌아 오기를 기다린다.
한편 나나가 머무는 모텔 99의 낡고 푸른 방에서 임시 투숙하고 있는 조한(안재욱 분). 구시대적인 방법을 고집하는 만화가. 모텔 99로 돌아오던 그는 스쳐지나는 나나를 우연히 보고 첫 눈에 반한다. 사랑에 빠진 그는 복도에서 인기척이 들릴 때마다 문틈을 통해 복도를 살피지만 나나의 모습은 없다. 어느날, 오늘은 기필코 고백하리라는 결심으로 나나의 뒤를 밟아 spot bar로 따라 들어간 한. 망설이다가 나나가 들어간 vip룸의 문을 열자 그의 앞에는 권총을 들고 있는 나나와 피투성이된 남녀가 널부러져 있다. 한은 상황에 대한 놀라움 보다, 지금까지 마음속으로 되뇌었던 자신의 고백이 더 급하다. 놀랍고 상기된 목소리로 나나에게 미친 듯이 '나는 당신을 사랑합니다!'라고 읊조리는 한. 어처구니 없는 나나는 한에게 공범이 되기를 권하고 권총을 건네주며 확인 사살을 강요한다. 이로써 한은 나나의 살인 행각에 대한 공범자가 되고, 함께 다음 장소인 IMI 호텔로 향한다.
깊은 산속에 있는 IMI 호텔에 가서 다섯 번째 고객 GUY mansfield를 만나는 나나는, 그녀가 죽여야 하는 사람이 바로 고객인 GUY라는 사실을 알고 의아해 하지만, 대가로 그녀가 받을 차이니스패스에 혹해 GUY의 요청을 받아들인다. GUY는 자신이 만든 시나리오 대로 10일 10시에 드라마틱하게 죽기를 바란다. 하지만 그 날은 중국행 기차가 떠나는 날. 나나는 시간이 없고 9일 밤에 일을 끝내버리려는 나나는 추격 끝에 GUY에게 총알을 발사한다. GUY의 물건들을 챙긴 나나와 한 두사람은, 내일로 다가온 나나의 중국행으로 곧 헤어질 운명. 안달이 난 한은 고속도로를 달리는 차 속에서 GUY의 물건에서 빼내오 몰래 간직하고 있었던 기억 캡슐을 나나에게 먹이기로 결심한다. 나나가 킬러였던 기억을 잃어버리면 나나를 자신의 연인으로 만들 수 있겠기에. 마침내 맥주에 탄 기억캡슐을 먹은 나나. 잠시 정신을 잃은 뒤 깨어나자 킬러로서의 자기 기억을 잃고 한도 알아보지못한다.
한은 만화같은 사랑이야기를 지어내어 '과거에 서로가 사랑했던 사이였다.'는 말로 그녀를 속이고, 과거를 기억하지 못하는 나나는 한에게 완전히 의지하는 여인이 되어 중국행 기차를 타는 대신 서울의 모텔 99로 다시 돌아오고 한과 함께 머문다. 사랑을 찾은 한은 자신의 만화 작업에 열중이고, 나나는 천진스러운 소녀로 변하여 행복한 하루하루를 보내지만, 오르막이 있으면 내리막도 있는 법. 상시적인 건망증 증세를 보이는 나나에 대한 한의 사랑은 서서히 식기 시작한다.
