시작형 가이아 메모리에 의한 후토 시민의 폭주를 막아내고 있던 W, 초능력자 미나에게 갑작스럽게 공격당한다. 미나의 공격을 막아낸 쇼타로와 필립은 미나가 후토를 습격했던 '가면라이더 이터널' 다이도 카츠미의 지인이라는 것을 알아낸다. 미나는 다이도 카츠미의 과거에 대해 말해준다. 이야기는 수년전으로 돌아간다. 다이도 카츠미가 통솔하는 용병부대 NEVER는 동남 아시아의 한 나라에서 테러리스트 토벌임무를 진행 중이었다. 이때 초능력 병사 '쿽스'인 미나와 교전하게 되나, 카츠미는 미나가 깊은 슬픔을 가지고 있는 것을 알아채고 "너를 싸우게하는 놈은 누구냐?"라고 묻는다. 하지만 싸움은 끝나지 않고 또다른 쿽스 멤버들과 '가면라이더 이터널 레드 플레어'가 등장, 카츠미와 NEVER는 패배해 쿽스의 연구소인 '비렛지'로 연행된다. 비렛지에서 가혹한 생황을 강요받고 있던 쿽스 후보자들의 불만을 눈치챈 카츠미는 쿽스의 개발자인 닥터 프로펙스트를 쓰러뜨리기로 결심한다.
