지금으로부터 20년 후 가까운 미래 도시
개의 숫자가 포화 상태에 이르고 급속한 확산 상태에 도달했다. 그리고 코 열병이 메가사키 시를 강타한다. 개 독감이 모든 종을 위협하고 인간에게도 전염된다. 우니현의 코바야시 시장은 개들의 신속한 격리를 주장한다. 유기견과 애완견을 막론하고 모든 개를 추방하고 견제해야 한다는 것. 공식 법령 발표와 함께 개들은 쓰레기 섬으로 추방 되고 그곳은 개들의 식민지가 된다.
즉 개들의 섬이다.
6개월 후, 소형 단발 엔진 비행기가 쓰레기 섬에 불시착한다. 굶주렸지만 사나운 다섯 마리의 견공 무리가 불 붙은 비행기에서 비틀거리며 걸어나오는 12 세의 조종사를 발견한다. 코바야시 시장을 후견인으로 둔 고아 아타리다. 아타리는 새로 생긴 견공 친구들의 도움으로 자신의 잃어버린 개 스팟츠 를 찾아 나선다. 그 과정에서 메가사키의 모든 개를 완전히 제거하려는 음모가 드러나는데…