존 로앤가드(John Loengard: 에릭 클로즈 분)는 프렛 상원의원의 참모로 일자리를 얻어 애인 킴벌리(Kimberly Sayers: 메간 워드 분)와 함께 워싱턴으로 온다. 그에게 맡겨진 첫 일은 UFO 예산을 삭감하는 법안의 명분을 위해 현지를 조사하는 일이다. 그는 UFO 목격자들을 면담하는 중 UFO의 존재를 공군이 숨기고 있다는 의심을 하게 되고 이때 정체불명의 괴한들에 수사 중지를 협박당한다. 그를 협박한 사람은 바로 '제국'이라는 비밀기관의 대장인 바흐로서 그는 존의 수사 능력을 인정해 그를 제국의 요원으로 발탁하나 이 조사는 대통령도 모르는채 아이젠하워의 지시로 이루어지고 있는 일이었다. 이런 상황하에 존은 UFO와 외계인의 시체를 목격하고 계속 조사를 하면서 상원의원의 참모와 비밀요원의 이중 생활을 하며 그로 인해 킴벌리와의 사이가 악화된다. 그러던 중, 존을 죽이려던 한 농부의 시체에서 이상한 생명체가 나오면서 외계인의 존재는 완전히 확인되고 이미 외계인의 하수인이 되어버린 프랫 상원의원은 존을 위협하기 위해 킴벌리에게 그 생명체를 주입하지만 이를 안 존은 제국의 허조그 박사의 도움으로 놈을 킴벌리의 몸에서 빼내는데 성공한다. 그러나 그 동안 자신의 일에 회의를 느껴왔던 존은 제국을 탈퇴하기 위해 그동안 모았던 증거 자료를 케네디 대통령에게 제출하지만 그 보고서를 본 대통령은 제국에 의해 끝내 암살당하고 존과 킴벌리는 도망자가 된다.