호기심 많은 10살 소년 아더(프레디 하이모어)는 사랑하는 할머니(미아 패로우) 집이 며칠 뒤면 부동산개발업자에게 넘어갈 위기에 처한 것을 알게 된다. 실종된 할아버지가 비밀의 세계에 보물을 숨겨놓았다는 주술서를 발견한 아더는 1000일에 한 번 열리는 마법의 문을 통과해 미니모이 왕국으로 모험을 떠난다. 미니모이 국왕(로버트 드 니로)의 딸인 까칠 공주 셀레니아(마돈나)와 개구쟁이 발명가 왕자 베타(지미 펄론)를 만난 아더는 이블 M으로 불리는 악당 말타자르(데이빗 보위)의 위협으로부터 왕국을 지키려는 이들과 함께 비밀원정대를 결성하고 어둠의 도시로 향하는데…
