1973년 2월 10일, 비밀결사 쇼커를 괴멸시킨 가면라이더 1호와 2호는 쇼커가 탄생시킨 최강의 전사 가면라이더 3호와 마주친다. 1호와 2호는 최후의 힘을 짜내서 대결했지만 3호의 압도적인 힘을 이기지 못하고 쓰러지고 만다. 쇼커는 총력을 다해 부활하고 이내 세계정복을 달성한다. 그리고 시간은 흘러 2015년 현대. 평소대로 로이뮤드 102를 쓰러뜨린 '가면라이더 드라이브' 토마리 신노스케와 시지마 키리코. 갑자기 하늘에 녹색 빛이 달리는 것이 보이더니 지구는 쇼커에 의해 지배되는 세계로 바뀌어버린다. 1호와 2호를 시작으로 계속 만들어진 가면라이더들은 '정의'와 '악'이라는 2개의 세력으로 나뉘어 대립하고 있었다. '정의'의 라이더들은 사람들을 지키며 힘겨운 싸움을 하고 있었고, '악'의 라이더들은 쇼커에 의해 세뇌되어 '쇼커 라이더'를 자칭하며 사람들을 공격하고 있었던 것이다. 이 세계에서 쇼커에 소속되어 있던 신노스케는 '모든 가면라이더를 쓰러뜨린다'는 의식으로 활동하고 있었지만 우연히 마주친 정의의 라이더 '가면라이더 블랙' 미나미 코타로의 절규에 눈을 뜨고 쇼커에 반기를 들게 된다.
