평화를 되찾고 평범한 생활을 하던 세일러 요정들에게 이번에는 데스버스터즈라는 적들이 나타난다. 데스버스터즈는 영혼의 별 3개를 모아서 성배를 만든 다음, 이 세계를 멸망시키려고 하지만 이에 맞서서는 새로운 세일러 요정, 세일러 우라누스,넵튠이 나타난다. 세일러 전사들은 그들과 합류하기를 원하지만, 그들은 합류하기를 반대한다.
한편 공원에서 놀던 꼬마 세라는 어느날 코코라는 여자아이를 알 게 된다. 그러나 그 아이는 파멸의 전사 세일러 새턴이며, 몸 속에서는 미스트리스9이 잠재하고 있었다. 데스버스터즈의 최고 지배자인 파라오90으로부터 지구를 구하기 위해, 무한학원에 돌입하고자 하는 세일러 요정들. 그러나 다이몬에게 방해를 받고, 세일러문이 적에게 붙잡혀 버리고 절체절명의 위기에 빠진다.
한편 우라누스와 넵튠은 플루토의 희생으로 간신히 페르손의 몸에 들러붙은 다이몬, 게르마트이드와 대결해서 승리를 거두게 된다. 그러나 학원에는 코코의 몸을 빌려 성배를 노리는 미스트리스9이 모습을 드러냈다. 세일러문은 미스트리스9속의 잠자는 코코의 마음을 깨우려 하고, 추억과 함께 코코의 의식이 부활한다. 각성한 세일러 새턴은 꼬마세라에게 순수한 영혼의 별을 돌려주고, 꼬마세라에게 작별을 고하며 환영처럼 사라져 가는데...
