태초마을에서 또 다시 모험에 나선 지우와 피카츄. 새로운 모험의 무대 신오지방에 도착하자마자 지우는 피카츄를 로켓단에게 뺏겨버린다. 로켓단에게 쫓기는 지우의 피카츄를 보호한 것은 신참 트레이너인 빛나였다. 회색시티에서 온 웅과도 우연히 만나며 지우, 빛나, 웅의 여행은 시작된다. 신이라고 불리우는 포켓몬 디아루가와 펄기아, 그 두마리의 포켓몬을 둘러싸고 신오지방에서의 모험은 진행 된다.