신오지방 여행을 마치고, 태초마을로 돌아온 지우와 피카츄는 세미나를 위해 하나지방으로 떠나는 오박사를 따라 엄마와 함께 여행을 떠난다. 하나지방에 도착하자 피카츄에게 거대한 번개구름으로부터 한 줄기의 번개가 치는데… 하나지방 포켓몬 연구의 권위자인 주박사의 연구소에 가서 피카츄를 검사하지만, 전기타입 기술을 쓸 수 없게 된다. 피카츄의 몸에 일어난 이변에도 불구하고, 이제까지 보지 못했던 미지의 세계와 만나기 위해 지우는 하나지방 여행을 결심한다!