미나미 코타로가 암흑결사 고르곰을 멸망시킨 후 반년이 경과했다. 한때 친구였던 노부히코를 쓰러뜨린 사실 때문에 마음에 상처를 입은 코타로는 삼촌인 사하라 슌키치의 집에 머물고 있었다. 사하라의 회사에서 헬기 파일럿을 직업삼아 평온한 한때를 보내던 코타로. 하지만 어느날, 코타로는 빛을 내뿜는 정체불명의 배 3척을 목격한다. 배를 설치하는 괴인의 목격정보를 따라 조사를 행하던 도중, 괴마계로부터 나타난 크리이시스 제국의 전선기지인 크라이스 요새에 구속, 유폐된다. 그곳에서 크라이시스의 사령관 쟈크 장군은 코타로에게 크라이시스 제국의 첨병이 되어 지구의 전인류를 학살하라는 요구를 한다. 코타로는 이를 거부하고, 쟈크 장군은 코타로의 변신기능을 파괴하여 우주 공간에 던져버린다. 하지만 코타로의 체내에 있던 '태양의 돌' 킹스톤이 태양광선을 흡수하고 코타로는 가면라이더 BLACK RX로 부활한다. 그리고 크라이시스 제국과의 혈전을 벌여나간다.