다크 임페리얼과의 치열했던 경기가 끝난 지도 3개월. 뿔뿔이 흩어졌던 천둥 축구부의 멤버들이 다시 돌아왔다. 세계 청소년 축구의 최강팀을 결정하는 축구 프런티어 인터내셔널 대회를 앞두고 벌어진 국가 대표 선발전. 여태까지 등장한 최고의 선수들 사이의 불꽃 튀는 접전 끝에 드디어 베스트 멤버가 모인 대표팀이 탄생한다. 수수께끼의 감독 손도진의 강도 높은 맹훈련은 계속되고 세계의 강호 팀과 벌이는 경기는 험난하기만 한데…. 세계 정상을 향해 도전하는 썬더팀의 대활약. 이것이 바로 초강력 축구다. 썬더일레븐!