우주세기 0153년. 지구연방정부의 힘이 약해지자 각 콜로니들은 자치적으로 활동하기 시작해, 지구권은 작은 분쟁들이 산발적으로 일어나기 시작했다. 사이드-2를 거점으로 하는 '잔스칼 제국'은 구제와 감사라는 모토의 '마리아 주의'를 제창하며 길로틴 공개처형을 통한 공포정치를 지속하고 있었다. 잔스칼 제국은 이에 그치지 않고 특수부대 '베스퍼'를 유럽으로 파견, 도시를 함락하고 지구권 공략의 거점으로 삼는다. 그런 잔스칼 제국에 대항하기 위해 만들어진 조직 '리거 밀리티아'는 반 잔스칼 운동의 상징적인 병기로써 '빅토리 건담'이라는 신형 MS를 제작한다. 우연히 베스퍼와 리거 밀리티아의 싸움에 휘말린 소년 웃소 에빈은 자신의 친구들을 지키기 위해 빅토리 건담에 탑승하게 된다.