우정의 힘으로 마녀 메두사를 물리친 시크릿 플라워 5총사. 마녀가 사라진 동화나라에 봄이 찾아올 줄 알았는데 이번에는 요정들이 좀처럼 모습을 드러내지 않는다. 마녀들이 불러들인 공포로 인해 꼭꼭 숨어버린 요정들을 다시 불러내기 위한 유일한 방법은 레인보우 하프의 신비로운 연주! 쥬쥬가 하프를 찾아내지만 하프의 힘을 가진 ‘하모니스톤’이 사라져있다! 도둑맞은 하모니스톤을 찾기 위해 시크릿 플라워 친구들을 만나러 가는 쥬쥬와 룰루! 그리고 사고뭉치 레이지까지 현실세계로 오게 되는데…
한편 시크릿 플라워 멤버들을 갈라놓기 위해 계략을 꾸미는 피터, 그리고 아이린에게 다가오는 어둠의 그림자!!!
동화나라의 하모니를 되찾기 위한 쥬쥬와 시크릿 플라워의 새로운 모험이 펼쳐진다.