과학특수대의 하야타 대원은 소형 비틀에 탑승한 채로 푸른 구체와 붉은 구체를 추적한다. 하지만 공중에서 붉은 구체와 충돌해 추락하게 되고, 하야타는 목숨을 잃는다. 붉은 구체의 정체는 M78성운의 외계인 울트라맨이었다. 그는 우주의 묘지로 호송중에 도망친 우주괴수 '베무라'를 쫓아 지구까지 왔던 것이다. 그리고 자신의 부주의로 하야타를 죽게 한 것에 책임을 느끼고, 자신의 생명을 나눠주는 형태로 일심동체화 한다. 그리고 하야타와 함께 지구의 평화를 지키기 위해 싸울것을 결심한다. 이후 하야타는 과학특수대가 위기에 처할때 베타 캡슐을 점화시켜 울트라맨으로 변신, 괴수나 우주인과 싸워나간다.