1년 전쟁이 종결되고 7년이 지난 우주세기 0087년. 지온 공국군에게 승리한 지구연방군은 콜로니에 대한 지배력을 강화하였다. '지온 공국 잔당 사냥'이라는 기치하에 엘리트들로 구성된 부대 '티탄즈'를 창설, 콜로니 주민들의 공포감은 더욱 더 높아져갔다. 이에 대응하기 위해 콜로니의 스페이스노이드들은 반지구연방조직인 '에우고'를 조직해 대응하기 시작하였다. 1년전쟁의 영웅 '붉은 혜성' 샤아 아즈나블은 부하들과 함께 연방의 신병기가 있다는 콜로니 사이드 7에 잠입하고, 그곳에서 소년 카미유 비단과 만난다. 티탄즈의 파일럿을 공격했다는 이유로 감금과 구타를 당한 카미유는 신병기 '건담 Mk-2'를 탈취해 사이드 7을 탈출, 샤아와 함께 에우고에 소속된다.