푸른 강철의 아르페지오 - 아르스 노바 -

2039년, 인류는 온난화에 따른 급격한 해수면상승에 의해 지상에서의 판도를 크게 상실한다. 그에 호응하듯이 안개를 감싼 수수께끼의 군함군 '안개의 함대'가 세계 각지의 해양에서 출현, 탑재한 초병기로 인류의 배를 공격하기 시작했다. 인류는 가지고 있는 총 전력을 투입하여 최종결전 '대해전'에 임하지만, '안개'의 압도적인 무력 앞에 패했다. 모든 해역, 운반경로를 '안개의 함대'에 의해 봉쇄당하고 정치경제는 붕괴, 인류는 피폐해져만 갔다. '대해전'으로부터 7년. 사관후보생 치하야 군조 앞에 나타난 '안개의 함대'의 잠수함 '이401'. 적일 터인 '이401'과 그 멘탈 모델 '이오나'와의 만남은 군조에게, 그리고 인류에게 무엇을 가져다 줄 것인가?