スパイダーマンこと高校生のピーター（トム・ホランド）は夏休みに、学校の友人たちとヨーロッパ旅行に出かける。そこにニック・フューリー（サミュエル・L・ジャクソン）が突如現れ、ピーターにミッションを与える。炎や水など自然の力を操るクリーチャーたちによって、ヴェネチア、ベルリン、ロンドンといったヨーロッパの都市をはじめ、世界中に危機が迫っていた。ニックはピーターに、ベック（ジェイク・ギレンホール）と呼ばれる人物を引き合わせる。“別の世界”から来たという彼も、ピーターと共に敵に立ち向かっていく。彼は味方なのか、それとも……？