少女のアリスは父が起こした事故により母を失い、また自らも右腕を失ってしまう。機械の義手をつけ、人間の言葉を話せる装置をつけた愛犬をママと呼び、周囲に心を閉ざすアリス。そんなある日、森の中にあった巨大な黒い立方体の中から、彼女自身の筆跡で「彼らを信じないで！」と書かれた一通の手紙を見つける。ほどなくして父が森で倒れていたという姉弟を連れてくる。誰が手紙を書いたのか、手紙に書かれた彼らとはこの姉弟のことなのか、あの黒い箱は一体何なのか。多くの謎に包まれる中、恐怖と惨劇が訪れる。