第二次大戦下のドイツ・ベルリン。8歳のブルーノ(エイサ・バターフィールド)は、ナチス将校である父親(デヴィッド・シューリス)の昇進により、住み慣れた我が家を離れ、殺風景な土地に越してくる。遊び相手もなく退屈していたブルーノは、ある日、有刺鉄線のフェンスで囲まれた奇妙な“農場”を発見する。そのフェンスの向こう側には、ブルーノと同じ年のユダヤ人であるシュムエル(ジャック・スキャンロン)がいた。フェンスを挟んで言葉を交わしながら、二人はささやかな友情を築いていった。その友情がやがて自分の運命を大きく変えてしまうとは知らずに……。