우주세기 0080. 에우고에 의해 지구연방군 특수부대 '티탄즈'는 붕괴했다. 하지만 에우고도 역시 유력한 지휘관인 크와트로 바지나 대위를 잃고 에이스 파일럿 카미유 비단마저 정신붕괴에 빠져 많은 전력을 잃어버렸다. 그리고 어부지리를 노리는 구 지온제국의 후예 네오 지온이 지구권을 향해 진군해오기 시작한다. 에우고의 핵심부대인 아가마는 수리와 보급을 위해 콜로니 사이드-1 '샹그릴라'에 정박하지만, 샹그릴라의 고물상 소년 쥬도 아시타에 의해 Z건담을 탈취당한다. 하지만 때마침 아가마를 노리고 침공한 네오 지온과 교전하게 된 쥬도는 결국 아가마의 파일럿이 되어 생활하게 된다.