15년전, 한국의 우주과학자 일행의 의문이 실종으로 얘기는 시작된다. 유일한 생존자인 이박사는 외계로부터 우주인의 침입이 있을 것에 대비하여 희생된 과학자들의 자제를 슈퍼맨으로 양성하는데, 이들이 바로 변신전사 트랜스 형제이다. 2천년전 지상에서 사라져버린 올메카 외계인들이 그들의 두목인 쿠쿨칸을 재생하여 지구정복의 야욕을 갖는다. 이를 알게된 마야의 공주 아데나는 트랜스형제들을 돕는다. 이박사가 발명한 새로운 과학병기를 이용한 트랜스형제들이 눈부신 활약상, 또 아데나 공주와 올메카 외계인에게 정복당한 토이라는 의인화된 두꺼비의 용맹스런 활동이 한데 뭉친다. 그래서 마야의 유적지를 본거지로 본격적인 지구정복을 꿈꾸던 쿠쿨칸과 올메카별 우주인들은 전멸을 당하고, 지구는 트랜스형제들로 인해 외계의 침입에서 벗어나게 된다.
