선사시대의 인류인 미케네 유적을 조사하던 닥터 헬은 유적 안에서 거대한 로봇들을 발견한다. 닥터 헬은 로봇들을 이용하여 세계를 정복할 야욕을 불태우고 조사팀을 모두 죽인다. 가까스로 살아난 조사팀의 카부토 쥬조 박사는 일본으로 도주하여, 자신이 개발한 초합금 Z로 만든 슈퍼로봇 '마징가 Z'를 비밀리에 완성시킨다. 하지만 갑작스레 일본을 침공한 닥터 헬의 부하 아슈라 남작에 의해 큰 상처를 입은 카부토 쥬조 박사는 손자 카부토 코우지에게 마징가 Z를 넘기고 숨을 거둔다. 카부토 코우지는 광자력연구소로 거처를 옮기고 할아버지의 유지를 이어 닥터 헬의 야망을 쳐부수기 위해 싸워나간다.
