慶応3年、大政奉還により260年余りに及んだ徳川幕府は終焉を迎え、諸藩は東軍（旧幕府軍）と西軍（明治新政府軍）に二分していく。翌年、烏羽・伏見の戦いを皮切りに戊辰戦争が勃発するが、越後の小藩、長岡藩の家老・河井継之助（役所広司）は、民の暮らしを守るため戦争を避けようと、東軍・西軍いずれにも属さない武装中立を目指す。しかし、和平を願って臨んだ談判は決裂する。継之助は徳川譜代の大名として義を貫き、西軍と砲火を交えることを決断する。戦の無い世を願った継之助の、最後の戦いが始まる……。